厌氧菌是否对机体有益取决于其数量以及是否存在致病性。

健康个体中存在少量的厌氧菌，这些细菌通常与肠道微生物群落共存，有助于维持消化系统的正常功能。若厌氧菌过度增殖或发生突变成为致病菌，则可能导致疾病如龋齿、牙周炎等，此时则对机体有害。

厌氧菌在特定条件下也可能产生对人体有害的代谢产物，如毒素或气体积聚导致胀气。

需密切监测厌氧菌的数量和活性，并采取适当的预防措施以减少其致病风险。必要时，可考虑使用抗生素治疗来控制感染。