肛门指检后每次大便都疼可能是指检造成的轻微损伤所致。

肛门指检是通过手指触摸肛门及其附近区域来检查病变的一种方法，可以触及到肛门周围的肌肉、神经等结构，可能会对肛门黏膜及括约肌造成一定压力和摩擦，从而引起短暂的不适感。这种疼痛一般会在数小时内自行缓解，但如果持续出现则需考虑是否存在其他疾病因素的影响。

如果患者在指检时发现有痔核或肛裂等情况，此时由于局部组织存在炎症水肿或者伤口未愈合，在排便过程中容易受到粪便刺激而引发疼痛。此外，若患者本身存在肠道感染性疾病，如溃疡性结肠炎、克罗恩病等，在炎症因子的作用下会导致直肠末端充血水肿，当排便时会加重刺激，进而诱发疼痛症状。

因此，建议患者在指检后注意观察自身症状变化，避免摄入辛辣刺激性食物，以减少排便时的不适感。