支气管源性囊肿手术后的后遗症因人而异，严重程度不一。

后遗症的严重性主要取决于囊肿的位置、大小及手术过程中的损伤程度。

轻微的后遗症可能包括短暂的呼吸困难或胸痛，可通过药物治疗缓解；严重的后遗症则可能需要再次手术或其他进一步的医疗干预。患者应定期复查，以便早期发现并处理任何可能出现的问题。

如果囊肿较大或者位置特殊，可能导致术后出现长期咳嗽、咳痰等呼吸道症状，甚至引起肺部感染。

在术后恢复期间，患者应注意休息，避免剧烈运动，以减少呼吸系统的负担，并促进身体更好地康复。