口腔深处肉疙瘩可能源于舌下腺囊肿或舌根淋巴组织增生，但需要排除恶性肿瘤的可能性。

口腔深处肉疙瘩若为舌下腺囊肿，则是因为唾液滞留于舌下腺导管所形成的潴留性囊肿；而舌根淋巴组织增生则属于正常的免疫应答，当受到刺激时会过度活跃，引起局部淋巴结肿大。对于恶性肿瘤，因为病变通常生长迅速且伴有疼痛、出血等症状，因此需要通过活检来区分。

此外，还应考虑是否是舌咽神经痛导致的舌咽部感觉异常，误以为是肉疙瘩。这种情况多见于老年人，常伴随耳后疼痛、吞咽困难等。

在诊断口腔深处肉疙瘩的原因时，建议患者避免进食辛辣、硬质食物以减少摩擦，保持良好的口腔卫生习惯，定期复查。