十六岁女孩月经三个月没来可能是因为青春期发育不全、多囊卵巢综合征等原因导致的，建议可以采取生活方式调整、营养补充、激素疗法、中药调理、子宫内膜刮除术等治疗措施。如果月经长期不来且伴有其他症状，应尽快就医以确定原因并获得适当治疗。

1.生活方式调整

通过改善饮食、规律运动等方式促进身体健康，有助于调节内分泌。适用于因生活习惯不良导致的月经不调情况。

2.营养补充

适当的维生素E、铁质等营养素摄入可以辅助调节内分泌状态，缓解闭经症状。对于体质虚弱引起的闭经具有一定的帮助作用。

3.激素疗法

激素替代疗法涉及雌激素、孕激素等人工合成或提取自天然来源的激素制剂，根据医嘱制定周期性用药计划以模拟自然生理周期。此法针对绝经前后过渡期及部分其他原因所致闭经有显著效果。

4.中药调理

中医师会依据个体差异开具处方，常含当归、川芎、白芍等中药材，遵循传统煎煮、服用方法。对于某些类型功能性低下的闭经有益处，并可同时改善伴随的潮热、焦虑等症状。

5.子宫内膜刮除术

在局部麻醉下进行手术，在宫颈扩张器的帮助下刮取宫腔内的内膜组织，通常在门诊完成。此手术用于排除子宫内膜增生或异常出血等情况。术后需注意休息和伤口护理。

需要注意的是，如果长时间未出现月经来潮或其他相关症状，建议及时就医进行详细检查，如超声波检查、内分泌检查等，以确定具体原因并接受适当治疗。