虽然两者均由病毒感染引起，但它们由不同的病毒引起，疱疹性咽峡炎主要由柯萨奇病毒A型或肠道病毒71型感染所致，而手足口病则由多种肠道病毒中的20多种类型引起，包括柯萨奇病毒A组16型和肠道病毒71型。因此，患有疱疹性咽峡炎的人通常不携带导致手足口病的病毒，也就没有传染给他人导致其患手足口病的可能性。
如果患者与手足口病患者密切接触，且自身免疫力低下，则可能增加感染的风险。
在预防这两种疾病时，应强调个人卫生习惯，如勤洗手、避免共用物品，并定期进行环境消毒。同时，对于易感人群尤其是儿童，及时接种相应的疫苗是有效预防措施之一。
