,清华大学医院位于风景秀丽的清华园，其前身是始建于 1911 年的清华校医室。1962 年，校医室改制为校医院。经过百年岁月的洗礼，现已发展为一所二级综合医院，总建筑面积9351㎡，有职工219人，其中主任医师10 人、副主任医师53人。设内科、外科、急诊科、妇产科、儿科、传染科、中医科（包括针灸、按摩、理疗等）、口腔科、 眼科、耳鼻喉科、放射科、药剂科、检验科、功能科等近二十个临床和医技科室，除普通门诊外，还开设二十多个专家门诊。是北京市医保定点机构，承担着校内近六万名常住人口的医疗保健工作，并向社会开放。全年门、急诊量近47万人次，体检量约5万人次。（2018.4）
医院经过百年尤其是近十年的快速发展，医院提炼出医院文化的精髓，明确提出了“以人为本、防治结合、严谨求实、厚德服务”的“十六字”院训和倡导医务人员，始终坚持患者需求至上；始终坚持医疗安全第一；始终坚持持续质量改进；始终坚持团队协作精神；始终坚持严谨求实作风；始终坚持崇尚医德理念的“六个始终坚持”的职业精神。“以人为本”，强调对外以患者为本，对内以职工为本，体现了我们党全心全意为人民服务的根本宗旨；“防治结合”，强调预防和治疗并举，体现了医疗服务的基本要求和基本内容；“严谨求实”，要求医务工作者必须严格细致，谦虚谨慎，一丝不苟，决不能马马虎虎，麻痹大意，体现了清华大学的优良学风；“厚德服务”，要求医务人员必须具有高尚的思想品德、良好的职业道德，体现了清华大学的校训精神。以“十六字院训”和“六个始终坚持”的职业精神为根本形成了医院的核心价值体系。这对进一步增强全院职工的凝聚力和向心力，进一步激发全院职工的责任感、积极性和主动性会起到很好作用。在十三五规划中，医院明确提出经过五年的发展使清华大学医院建设成为满足学校发展需求，符合国家社区卫生服务发展要求，具有清华特色、高校一流、社区拔尖的二级综合医院。与清华大学医学院附属医院及其他社会医院合作发展，成为清华大学医学学科领域的一个重要组成部分的奋斗目标。
医院经过最近十年通过提出从三级医院引进科室主任或学术骨干作为医院的学术带头人，引进基础知识扎实，业务素质全面，在三级医院能独立解决常见疾病的诊治和某一领域的专业会诊工作的年轻人的工作思路，逐步实现建设一支结构合理、梯队明显、业务知识互补、富有朝气、充满活力的团队的目标。经过十年的不懈努力目前医院有职工219人 ，其中博士6人，硕士44人。主任医师10人，副主任医师53人，他们正在医院的发展中起着关键的作用。
制度是医院活动的行为准则，是科学管理的重要手段，是办院宗旨、价值取向和发展方向的具体体现，是联系物态文化和精神文化的桥梁，是医院实行科学管理所应具备的基本条件。由于医院的工作具有分工细、头绪多，同时技术性、规范性、时间性、连续性、协作性强等特点，要使医院各项工作有章可循，有法可守，各级人员分工明确，职责清楚，各司其职，各尽其能，各部门、各科室之间层次分明，合作默契，单靠院级管理制度还是远远不够的。为此，2005年度医院制订了医疗管理制度、护理管理制度及后勤保障制度、应急预案等相关制度435项，修订相应制度356项。2006年全面开展了科级管理制度的制订及修订工作，各科室全部梳理了科内所有规章制度，根据工作的实际情况，修订和制定了相关制度，使科室的管理更加细化到位，确保了医疗质量的安全有效，2012年根据医院评审的新要求，各科再次修订科内制度，实现了制度建设的持续改进。2015年再次全面修订医院管理制度。
医院目前拥有美国Philips Brilliance 64 CT、美国 GE Discovery 656 DR、富士 Smart CR XG-1、PACS系统、美国Norland XR-600双能X线骨密度测量仪、德国Kavo Orthorali 9200DDE 曲面断层DR、德国罗氏公司cobas cce全自动生化免疫分析仪、美国 GE 运动平板心电系统、美国 Delmar 动态心电图检测系统、 德国 MOBIL 公司的 24 小时动态血压监测系统、美国飞利浦公司生产的超声诊断仪EPIQ5 、IU-22、HD-15；美国GE公司生产的彩超仪 LOGIQ-E9、 Vivid-E9 、日本奥林巴斯电子内镜、中央心电监护系统等一批先进设备。 医院每年不仅能够对大量的常见病、多发病、慢性病进行诊治，而且解决了诸如 慢支、肺气肿呼吸衰竭，心绞痛、心力衰竭等许多难治疾病的诊疗问题，我们实现了80%的疾病靠自身解决，5%的疑难病例通过外请专家来院出诊解决，15%的疑难病例及危重急症转上级医院解决。医疗检测水平实现跨越发展，满足临床实际需求，免除师生仅仅为了检查而多次往返大医院之苦，同时全面提高体检工作的质量，大量疾病得早发现，早治疗。连续多年完成门急诊量46万多人次，而且逐年递增。全面提升医院的综合服务能力及服务水平。整体内科系统疾病的诊治量及水平在全国高校医院中名列前茅。此外，还能开展阑尾切除术、疝 修补术、肛肠手术、四肢骨折内固定术等许多常见疾病的手术治疗，外科手术量在北京高校医院中处于领先地位。口腔学科专业布局全面，技术力量雄厚。护理工作在做好基础护理的同时、不断加强专科护理、心理护理，逐步提高护理水平。预防保健方 面承担着学生保健、儿童保健、计划免疫、传染病管理、健康教育，心理咨询治疗等 工作，从单纯的健康体检转变为健康管理，在体检工作中能够准确检查出一些重大疾 病，确保患者得到及时治疗。基本做到了对疾病的早期预防、早期干预、早期发现和早期治疗。 医院以满足全校师生员工的健康需求为中心，以提高医疗保健服务质量为核心，以为学校分忧解难为基本出发点，将厚德服务作为医院生存和发展的生命线，积极改革，锐意进取，力争建成与世界一流大学需求相适应的，集医疗、保健、预防、康复为一体的现代化社区综合医院。