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北京大学第三医院（简称“北医三院”）始建于1958年，是国家卫生计生委委管的集医疗、教学、科研和预防保健为一体的现代化综合性三级甲等医院。现有在岗职工4861人，开放床位1755张。医院设有36个临床科室、10个医技科室。拥有27个博士点、1个临床博士后流动站。在岗博士生导师57人，中国科学院院士1人、中国工程院院士1人，国家自然科学基金杰出青年基金获得者3人、科技部“973”首席科学家1人、教育部“长江学者特聘教授”2人，1人入选国家级“新世纪百千万人才工程”，国家卫生计生委突出贡献专家10人。
北医三院拥有国内最强的脊柱外科和目前世界规模最大、治疗方法最全面的生殖医学中心之一。中国大陆首例试管婴儿在此诞生。运动医学研究所是中国最早成立、国内唯一的中国奥委会指定运动员伤病防治中心。眼科在眼外伤及眼科疑难重症的诊治方面处于国内领先水平；消化科在溃疡病发病机制研究及治疗、早期胃癌的诊疗等领域居国内前列；心血管内科在冠心病介入治疗、急性心肌梗死“绿色通道”及临床与基础协调发展等方面居国内一流水平；成形科、职业病科是国内率先成立的临床特色学科。
在几代人的共同努力下，北医三院已发展成为国内高水平的大型综合性医院。骨科、药剂科（临床药学）、病理科、专科护理、检验科、消化科、妇科、产科、职业病科、耳鼻喉科、心血管分子生物学与调节肽重点实验室、呼吸内科、神经内科、普通外科、泌尿外科、眼科、麻醉科、康复医学科、成形科（整形外科）、运动医学科等二十个学科为国家临床重点专科建设项目。妇产科为国家妇产疾病临床医学研究中心。产科、康复医学科为国家专业医疗质量管理与控制中心。
十余年来，北医三院门、急诊量始终居北京市各大医院前列。2017年，年服务门急诊患者近399.11万人次，年服务出院患者10.31万余人次，年手术量6.15万余例次，在我院住院分娩新生儿总数为5272人，平均住院日为5.78天。在北京市DRGｓ（疾病诊断相关组）综合评价中，北医三院各项主要管理指标达先进水平。多次受到国家卫生计生委和北京市卫生计生委的表彰。在北医三院住院患者中，三分之一以上是来自全国各地的疑难杂症患者。
北医三院拥有18个北京市住院医师规范化培训专业基地、2 个国家卫生健康委员会专科医师规范化培训基地、2个北京市住院医师规范化培训技能考核中心。作为北京大学临床医学院，每年近800名医学生、350余名博士生、硕士生在此临床学习。同时，还承担着1500余名进修医生和近400名北京市住院医师规范化培训任务。每年110个国家级和北京市级继续教育项目吸引了全国各地1.1万名学员。
北医三院拥有3个教育部创新团队：骨科、运动医学研究所、妇产科。拥有3个教育部重点实验室：辅助生殖、分子心血管学（参与）和视觉损伤与修复（参与）；1个国家卫生计生委重点实验室：心血管分子生物学与调节肽；8个北京市重点实验室：磁共振成像设备与技术、脊柱疾病研究、生殖内分泌与辅助生殖技术、心血管受体研究、运动医学关节伤病、幽门螺杆菌感染与上胃肠疾病、眼部神经损伤重建保护与康复、神经退行性疾病生物标志物研究及转化。2009年至2016年，我院中华医学会等主系列副主委以上现任兼职114人次； 39人次在中国科技论文统计源期刊收录杂志任主编或副主编，涉及14个科室。
我院作为第一完成单位，乔杰团队牵头进行的《配子胚胎发育研究与生育力改善新方法的应用》研究荣获国家科技进步奖二等奖；我院作为第二完成单位，徐明团队参与，北京大学进行的《细胞钙信号及分子调控》研究荣获国家自然科学奖二等奖。
我院乔杰教授研究团队与北大谢晓亮教授研究团队、汤富酬教授研究团队共同完成的“利用极体高通量测序结果精确推演出母源基因组信息”研究成果入选科技部公布的2014年度“中国科学十大进展”；乔杰教授研究团队和汤富酬教授研究团队共同完成的“揭示人类原始生殖细胞基因表达与表观遗传调控特征”研究成果入选科技部公布的2015年度“中国科学十大进展”。
2016年，消化科牵头承担的“十二五”国家科技支撑计划课题“幽门螺杆菌感染诊治的多种因素一次性检验技术平台的研究”通过科技部和国家卫生计生委验收；妇产科牵头承担的“973”国家重大研究计划项目课题“雌性生育力维持调节机制研究及生殖资源库建立”通过科技部项目结题验收，并被评为“优秀”。骨科牵头承担的国家重点研发计划项目—科技部“增材制造与激光制造项目”——暨“脊柱椎体、髋关节骨缺损及骨盆肿瘤个性化植入假体增材制造关键技术及临床应用研究”启动。妇产科牵头承担的国家重点研发计划“生殖健康及重大出生缺陷防控研究”重点专项“高龄产妇妊娠期并发症防治策略研究”启动。2017年1月，我院签署国内首个3D打印人体植入物科研成果产业化协议。
北医三院以强烈的社会责任感积极投身公立医院改革。近年来不断提高管理水平，参与多个国家级重大项目和课题的研究，取得成果被政府相关管理部门所采纳。在临床路径、优质服务护理工程、对口支援、医联体建设、援藏援疆支边等方面发挥了国家级医院的作用。同时，医院还承担着国家重大活动的医疗保障工作，承担着重大突发事件的医疗救援任务。近年来，出色完成了北京奥运会、建国六十周年庆典、抗震救灾、健康快车、埃博拉出血热病人救援、非洲“光明行”、历次全国“两会”等各项医疗保障任务。
医院连续多年荣获多项荣誉。荣获全国文明单位、全国卫生文化建设先进单位、全国医药卫生系统先进集体、全国医药卫生系统创先争优活动先进集体、全国综合医院中医药工作示范单位、首都十大疾病科技攻关与管理工作核心单位等，神经内科、心血管内科、眼科、运动医学研究所、药剂科等荣获“国家级青年文明号”荣誉称号，并被中华全国总工会授予“模范职工之家”称号。
拥有50多年历史的北医三院，积淀历久弥新的医院文化，充满朝气与活力。全体北医三院人将继续秉承“团结、奉献、求实、创新”的院训精神，以精湛的医术和高度的责任感承载生命的重托，为建设“国家级医疗中心、高水平的疑难重症诊治中心、临床医学研究中心和医学人才培养基地”而努力奋斗！
2008年：临床与应用基础研究，高等学校科学技术进步一等奖;肌萎缩侧索硬化/运动神经元病的基础与临床研究，高等学校科学技术进步一等奖;关节运动损伤的临床与基础系列研究，中国体育科学学会科学技术奖一等奖;玻璃化冷冻兔及人卵母细胞的研究及首例三冻试管婴儿诞生，北京市科技进步三等奖;肌萎缩侧索硬化/运动神经元病的基础与临床研究，北京市科技进步三等奖;基因治疗和组织工程治疗难治性运动创伤，北京市科技进步三等奖;高同型半胱氨酸血症加速动脉粥样硬化发生的免疫机制，北京市科技进步三等奖;高同型半胱氨酸血症加速动脉粥样硬化发生的免疫机制，中华医学科技二等奖;耳鸣发病机制—中枢神经系统神经递质及离子通道可塑性研究，中华医学科技三等奖;肌萎缩侧索硬化/运动神经元病的基础与临床研究，中华医学科技三等奖;中国女医师协会五洲女子科技奖，临床医学科研创新奖;系统性红斑狼疮免疫病理机制及临床应用，四川省科学技术三等奖(第二完成单位);血清阴性脊柱关节病发病机制、诊断及治疗研究，四川省科学技术一等奖(第三完成单位)。2009年：生殖和精子库的关键技术及其在生殖健康中的应用，国家科学技术进步二等奖(第二完成单位);气流阻塞性疾病的临床和基础研究，中华医学科技三等奖。
医院连续多年荣获多项荣誉。荣获全国卫生文化建设先进单位、全国医药卫生系统先进集体，全国医药卫生系统创先争优活动先进集体;被中华全国总工会授予“模范职工之家”称号;荣获中国医院协会首届“医院创新科技奖”三等奖;被卫生部评为2010年全国优质护理服务考核优秀医院;荣获卫生部全国公立医院“2011年度医院改革创新奖”;2012年，医院荣获北京市DRGs付费试点工作单项奖、卫生信息化推进优秀奖、北京市药品不良反应监测工作和医疗器械不良事件监测工作先进单位;“手术室关键资源协同优化与高效管理”项目荣获中国医院协会医院科技创新奖三等奖;药物临床试验机构荣获北京市科委授予的“北京生物医药产业跨越发展工程最佳临床药理基地”称号。由神经内科牵头的北京大学“神经内科学”课程被评为国家级精品课程，神经内科、心血管内科、眼科、运动医学研究所、药剂科等荣获“国家级青年文明号”荣誉称号。
拥有GE Signa HDx 3.0T MRI磁共振仪、GE Discovery MR 750 3.0T共振仪、Simens Biograph 64型PET/CT、Simens 炫速双源CT、GE 宝石能谱CT、瓦里安 直线加速器 Trilogy TM、我院医学装备发展new、放射影像设备、磁共振成像仪(MRI)、超声影像设备、内窥镜系统、康复理疗设备、血液透析装置、监护及抢救设备、手术室配套装备、临床检验设备、电生理检测设备等。