牙根囊肿和牙周炎的治疗通常需要在医生指导下使用药物，可以遵医嘱使用甲硝唑、克林霉素、布洛芬、阿莫西林、头孢氨苄等药物缓解症状。由于口腔疾病的复杂性，建议及时就医以获得专业的诊断和治疗。

1.甲硝唑

甲硝唑可治疗厌氧菌感染引起的牙根囊肿和牙周炎。该药物具有抗厌氧菌的作用。服用甲硝唑期间应避免饮酒，以免引起双硫仑样反应。

2.克林霉素

克林霉素适用于敏感菌所致的牙根囊肿、牙周炎等疾病的治疗。本品为广谱抗生素，对多种革兰阳性菌及某些厌氧菌有抗菌作用。使用克林霉素需监测肝功能，长期应用时尤其要注意肝脏毒性。

3.布洛芬

布洛芬可用于缓解牙周炎引起的轻至中度疼痛。其能抑制前列腺素合成，具有解热镇痛及抗炎的功效。服用布洛芬后不得驾驶机动车辆以及进行其他需要精神的活动。

4.阿莫西林

阿莫西林对于细菌感染导致的牙根囊肿、牙周炎有效。此药属于β-内酰胺类抗生素，通过干扰细菌细胞壁的合成而发挥杀菌作用。服用阿莫西林期间应避免同时摄入含钙、铁、镁、铝等金属离子的食物或药物，以减少影响吸收效果。

5.头孢氨苄

头孢氨苄主要用于敏感菌株所引起的急性冠周炎、牙槽脓肿、牙髓炎等口腔炎症性疾病。本品主要通过抑制细菌细胞壁的生物合成而发挥杀菌作用。服用头孢氨苄期间应避免接触酒精及其代谢产物，以防发生双硫仑样反应。

患者可在医生指导下服用以上药物治疗牙根囊肿和牙周炎。建议定期清洁口腔，保持良好的口腔卫生习惯，以促进病情恢复。