泌尿系统感染小便刺痛是因为细菌或其他病原体引起的尿道和膀胱黏膜炎症，导致尿道敏感性增加而引发的临床症状。

因为存在有致病菌感染，在繁殖的过程中会产生毒素以及代谢产物，这些物质会刺激尿道黏膜上皮，使局部处于充血水肿的状态，进而诱发疼痛的现象。当炎症累及到膀胱壁时，会引起膀胱平滑肌痉挛收缩，此时也会产生剧烈的疼痛感，同时还会伴有尿频、尿急等不适症状。若不及时处理，炎症进一步发展，可能会造成尿道狭窄甚至梗阻，加重上述不适症状，影响正常生活和工作。

如果患者还伴随出现发热、腰痛等症状，则可能是急性肾盂肾炎或输尿管结石所致。这些疾病都可能导致尿液滞留，从而引起尿路感染的发生。

在治疗泌尿系感染期间，应多饮水以促进排尿，有利于冲刷尿道，减少细菌附着。同时还要避免辛辣刺激性食物，以免加剧尿道刺激和疼痛。