恶露干净了小便有刺痛感，可能是由于尿道炎、膀胱炎或阴道炎等原因引起，建议通过血常规、白带常规等检查确定病因，并遵医嘱选择合适的治疗方法。

1、尿道炎：女性尿道较短，尿道口和阴道口距离较近，可能在产后不注意个人卫生，尿道受到病原体感染时易引发尿道炎。炎症刺激尿道黏膜组织，使其充血、水肿，排尿时尿液刺激尿道黏膜组织，会出现恶露干净了小便有刺痛感的现象，并伴有尿频、尿急等症状。建议在医生指导下通过服用阿奇霉素片、克拉霉素片等药物进行治疗;

2、膀胱炎：如果产后女性抵抗力下降或者不注意个人卫生等，可能会导致膀胱感染，引发膀胱炎。炎症刺激膀胱黏膜组织或者导致膀胱黏膜糜烂，均会引起恶露干净了小便有刺痛感的症状。建议在医生指导下通过服用头孢克肟胶囊、头孢呋辛酯片等药物进行治疗;

3、阴道炎：女性在产后身体较为虚弱，再加上没有注意局部卫生，细菌易进入阴道引发感染。而阴道与尿道相邻，可能导致部分女性尿道出现炎症反应，排尿时尿液刺激阴道黏膜组织，会出现恶露干净了小便有刺痛感的现象。建议明确诊断后，遵医嘱使用甲硝唑片、替硝唑栓等药物治疗;

4、其他原因：若女性存在慢性肾炎、肾结石等疾病，结石刺激肾脏、膀胱部位黏膜组织，可引起局部组织充血、水肿，排尿时尿液刺激局部组织，也会出现恶露干净了小便有刺痛感的情况。建议明确诊断后，遵医嘱使用肾石通颗粒、排石颗粒等药物治疗，也可以通过体外冲击波碎石术等进行治疗。