怀孕初期孕酮低可能是黄体功能不全、胚胎发育不良、染色体异常等原因引起的，需要根据不同的原因进行相应的治疗。

1.黄体功能不全：如果孕妇在怀孕期间出现黄体功能不全的情况，则会导致体内孕激素分泌不足，从而引起上述症状。建议患者可以在医生指导下使用黄体酮胶囊、地屈孕酮片等药物进行补充治疗。

2.胚胎发育不良：如果胚胎本身存在染色体异常或者发育畸形等情况时，在早期也会导致体内孕酮水平偏低的现象发生。如果是由于胚胎因素所造成的，一般无法通过人为干预的方式改善，必要时也可以遵医嘱通过药物流产的方式终止妊娠。

3.染色体异常：如果夫妻双方有一方或双方的染色体存在异常情况时，可能会增加胎儿患有先天性疾病的概率，从而影响到胚胎正常的生长和发育，甚至还会诱发先兆流产的情况发生。此时可以及时去正规医院的妇产科，通过无创DNA检查或者是羊水穿刺检查等方式明确诊断，并积极配合医生进行针对性处理。

除此之外，还可能与甲状腺功能减退症有关，建议应及时前往医院就医治疗，以免延误病情。