男性早上小便时有刺痛，原因比较多，常见有泌尿系统感染、膀胱结石、肾盂肾炎、尿道结石、前列腺炎等，需要到医院就诊，明确病因后再进行针对性治疗。

1、泌尿系统感染：如尿道炎，主要是由于淋球菌或非淋球菌引起的尿道炎症，通常表现为尿道刺痒、尿频、尿痛等症状，小便时可出现刺痛。治疗上可遵医嘱使用阿奇霉素、左氧氟沙星等药物;

2、膀胱结石：可能是由于尿道狭窄、细菌感染等导致，患者会出现排尿困难、血尿、尿痛等症状，可出现男性早上小便时有刺痛。可在医生的指导下使用药物治疗，如尿石通丸等，必要时可行手术治疗，如耻骨上膀胱切开取石术等;

3、肾盂肾炎：主要是由于细菌感染引起，患者可出现排尿困难、腰背痛、寒战等症状，也可出现男性早上小便时有刺痛。可遵医嘱使用抗生素进行治疗，常用药物有头孢噻肟钠、头孢曲松钠等;

4、尿道结石：可能是由于肾结石脱落，掉入尿道所致，患者会出现排尿困难、点滴状排尿、尿痛等症状，可出现男性早上小便时有刺痛。可以根据结石的大小进行药物治疗或手术治疗，如果较小的结石可以使用药物排石，如排石颗粒等，较大的结石可以通过手术取石;

5、前列腺炎：可能是由于细菌感染引起，患者会出现尿频、尿急、排尿痛等症状，还可能出现男性早上小便时有刺痛。可遵医嘱使用左氧氟沙星、环丙沙星等药物治疗。