婴儿大便时有呼吸困难，可能与喉软骨发育不良、先天性室间隔缺损、法洛四联症、肺炎等有关。建议到正规医院就诊，完善相关检查，明确具体的病因，并在医生的指导下进行相应的处理。

1、喉软骨发育不良：如果婴儿出生后没有及时补充钙质，造成喉软骨发育不良，可能会导致排气时喉咙出现堵塞感，甚至还会出现呼吸困难的情况。此时需及时遵医嘱进行补钙，比如服用葡萄糖酸钙口服溶液，而且还要多晒太阳，随着年龄的增长，症状可逐渐改善;

2、先天性室间隔缺损：可能与妊娠期母体患有慢性疾病有关，导致胎儿室间隔缺损，影响肺部血液循环，还可伴有呼吸困难、机体乏力、体重下降等症状。此时需要及时进行手术治疗，比如房间隔缺损修补术;

3、法洛四联症：其病因尚不明确，可能与妊娠期母体患有感染性疾病有关，还可伴有呼吸困难、发绀、嘴唇发紫等症状。应及时进行手术治疗，比如四联症矫正术、右室流出道补片修补法等;

4、肺炎：可能与婴儿机体抵抗力低下，肺部受到细菌或病毒感染有关。由于病原微生物刺激呼吸道黏膜，便可能会导致婴儿呼吸困难、咳嗽、发热等不适症状。应遵医嘱应用抗生素类药物进行治疗，比如阿莫西林颗粒、头孢克肟颗粒等。

除此之外，如果婴儿存在先天性气管狭窄等情况，也可能会出现上述症状，需要在医生鉴别诊断后进行相应治疗。