肝囊肿3.5厘米是否严重，需要结合患者自身情况进行综合判断。肝囊肿是一种良性病变，大多数情况下不严重。但如果患者肝囊肿体积较大，或出现相关症状时，则相对较严重。

1、不严重：如果患者肝囊肿体积较小，同时也没有相关不适症状，相关检查也未提示肝囊肿有恶变倾向，则考虑并不严重。此时可不需要进行特殊治疗，遵医嘱定期复查即可;

2、严重：若患者肝囊肿体积较大，或出现肝区疼痛、肝功能异常等症状，则考虑有恶变风险。建议患者进一步完善增强CT、肿瘤标志物和肝功能等检查，明确肝囊肿有无恶变。若存在恶变倾向，则考虑可能要在医生指导下进行手术治疗，并配合化疗、放疗等。此外，若肝囊肿已经压迫血管或胆管，导致患者出现黄疸、消化不良等症状，则情况相对较严重，需及时在医生指导下进行手术治疗，以缓解不适症状;

3、较严重：若患者肝囊肿3.5厘米同时有囊肿破裂、囊肿感染等情况，则考虑情况较严重。此时囊肿可能会随着体积增大，压迫肝组织和胆管，造成周围组织出现压迫症状，甚至出现肝组织损伤、肝功能异常等情况，需及时在医生指导下进行手术治疗。

因此，当肝囊肿3.5厘米时，建议患者进一步检查，明确肝囊肿性质和具体症状，判断是否严重。若没有恶变倾向，且未出现明显不适症状时，可不进行特殊治疗，定期复查即可。若出现肝囊肿破裂、囊肿感染等情况，需及时进行手术治疗，以免延误病情，造成严重后果。