肛门指检摸到肉疙瘩且伴有疼痛感可能是痔疮、尖锐湿疣等疾病导致的。患者需要根据不同的病因对症治疗。

一、非病理因素

1.痔疮：如果在进行肛门指检时，医生操作不当或者患者的个人体质较差，在检查过程中可能会出现不适症状。建议患者及时告知医生，并停止检查，以免造成损伤。同时还要注意局部卫生，穿宽松纯棉的内裤，避免用手抓挠患处，以免加重病情。

二、病理因素

2.尖锐湿疣：尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染引起的以肛门生殖器部位增生性损害为主要表现的性传播疾病。一般会表现为皮肤黏膜赘生物、异物感等症状。当感染病毒后会导致肛周组织异常增生形成肿块，从而引起上述情况。此时可以在医生指导下使用咪喹莫特软膏、氟尿嘧啶软膏等药物涂抹于患处缓解症状。必要时也可以通过激光、液氮冷冻等方式去除疣体。

除此之外，还可能与直肠息肉有关。若通过上述方法无法得到改善，则建议患者及时就医治疗。