严重的胃肠功能紊乱，可以吃益生菌、促胃动力药、抗抑郁药等药物进行治疗。建议患者在医生的指导下服用上述药物。

1.益生菌：如果肠道内的有益菌群减少，可能会导致消化不良的情况发生。此时可以在医生的指导下使用双歧杆菌三联活菌散、枯草芽孢杆菌二联活菌颗粒等药物进行治疗，能够改善症状。

2.促胃动力药：常见的药物主要包括多潘立酮片、枸橼酸莫沙必利胶囊等，能够促进食物的消化与吸收，也能够加快胃肠道蠕动的速度，在一定程度上也可以达到缓解病情的目的。

3.抗抑郁药：如果出现了明显的不适症状，比如失眠、焦虑等，还可以遵医嘱配合使用盐酸舍曲林片、盐酸帕罗西汀片等药物进行治疗，从而达到改善疾病的效果。

除此之外，严重胃肠功能紊乱的患者还可以遵医嘱服用止泻类药物、解痉类药物等药物进行治疗。若服药后效果不佳或出现其他明显不适，则需及时就医诊治。