做了肛瘘手术后肛门里面不舒服可能是正常现象，也有可能是伤口感染、术后肠粘连等原因导致的。建议患者及时去医院就诊，在医生指导下进行针对性治疗。

一、生理因素

1.正常现象：在做肛瘘手术时会对局部组织造成损伤，从而出现疼痛的情况，一般属于正常的生理现象。如果症状比较轻微，可以通过卧床休息的方式进行缓解，也可以通过热水坐浴的方式进行改善。

二、病理因素

1.伤口感染：如果不注意个人卫生或护理不当，可能会使细菌侵入到伤口内，从而引发炎症反应，也会伴有上述情况。此时可以在医生的指导下服用阿莫西林胶囊、头孢克肟颗粒等药物进行抗炎治疗，同时还要做好日常护理工作。

2.术后肠粘连：由于手术过程中会导致肠道受到刺激，并且还会对周围的神经造成影响，所以会出现上述不适的症状。此时可以遵医嘱使用复方氨基酸注射液、葡萄糖氯化钠注射液等营养支持治疗，必要时还可以选择手术治疗。

除此之外，还可能与直肠肿瘤有关，建议患者及时就医检查并治疗。