精子头部畸形率99%，属于严重情况，可能是不良生活习惯、环境因素、泌尿生殖系统疾病等因素所导致。建议就医检查明确具体原因，在医生指导下进行针对性治疗。在治疗期间也要合理休息，注意生理卫生，禁止性生活，合理膳食。

1、不良生活习惯：男性长期过度手淫或者是频繁熬夜、吸烟、饮酒等，可能会对精子质量造成影响，导致精子畸形率过高，出现精子头部畸形率99%的情况。建议调整生活习惯，戒烟戒酒，避免熬夜，保证充足睡眠与休息;

2、环境因素：男性长时间处于高温环境中工作，频繁接触化学毒物，可能会导致染色体改变，导致精子头部畸形率99%。建议改变周围环境，及时就医进行检查，明确是否存在染色体改变情况。同时要加强护理，远离高温环境，避免接触有毒有害物质;

3、泌尿生殖系统疾病：如前列腺炎、精囊炎、睾丸炎等，长期患有慢性炎症感染，导致精子成活率过低，就会使精子头部畸形率达到99%，还伴有会阴部胀痛、尿频、尿不尽、射精疼痛等症状。确诊以后可应用前列舒通胶囊、阿莫西林胶囊等药物进行针对性治疗;

4、其他因素：如缺乏微量元素锌、镁等，可能会影响到精子质量，导致精子头部畸形率99%。确诊以后应当调整饮食结构，保证营养均衡，多吃蛋白质、维生素含量丰富的食物如鸡蛋、芹菜、牛肉等，保证充足睡眠，适当进行体育锻炼如跑步等，必要时还可遵医嘱补充相关微量元素药物进行调理，如甘草锌胶囊。