牙周治疗第三次疼不疼，需要根据牙齿的具体情况进行判断。如果牙齿为活髓牙，治疗后疼痛可能会有所缓解。但如果牙齿为死髓牙，治疗后疼痛可能不会缓解，而是加剧。

1、活髓牙：如果患者的牙髓没有发生不可逆性的炎症，治疗后牙齿可能会有一定的恢复，在治疗后的第三次，牙齿可能会有一定的松动，但是不会出现剧烈疼痛。而如果患者牙髓已经发生不可逆性的炎症，在治疗过程中可能会出现疼痛，需要进行根管治疗，治疗后疼痛可能会有所缓解;

2、死髓牙：如患者的牙髓已经出现不可逆性的炎症，治疗过程中可能会比较疼痛，且治疗后效果可能也不会太好。建议在进行根管治疗时，选择正规的医院和医生，尽量减少操作对牙体造成的损伤，可以有效地缓解疼痛;

3、急性根尖周炎：如果患者发生急性根尖周炎，治疗过程中牙齿疼痛可能会比较剧烈。因为此时炎症可能会累及根尖外膜和骨膜下方的组织，治疗主要是以消炎和减轻疼痛为主，需要对牙齿进行根管治疗。治疗后疼痛可能会有所缓解，建议在术后配合医生服用一些消炎药物，如阿莫西林胶囊、头孢克肟片等，有助于炎症的消除;

4、慢性牙周炎：经过系统的牙周治疗后，牙周炎症已得到控制，但由于牙龈附近以及牙槽骨吸收，牙槽骨会出现一定程度的萎缩。所以在治疗过程中或者是治疗后，牙齿可能会出现一定程度的松动，导致牙齿出现钝痛。建议患者在日常生活中注意保护牙齿，注意口腔卫生，可以定期去医院口腔科检查牙齿。