衣原体和支原体都属于原核细胞型微生物，但两者的区别在于感染部位、引起疾病的病原体、主要传播方式、生存时间等方面的不同。

1、感染部位：衣原体感染主要感染眼部、呼吸道、泌尿生殖系统等部位。支原体感染常感染上呼吸道、消化道、心血管系统、神经系统等部位;

2、引起疾病的病原体：衣原体感染后主要引起沙眼、咽炎、鼻窦炎、中耳炎、气管炎、肺炎等呼吸道疾病，还可引起沙眼衣原体肺炎、心内膜炎、心包炎、心肌炎、心内膜炎等心脏疾患，还可能引起沙眼衣原体肠炎、下呼吸道感染等疾病。支原体感染后主要引起呼吸道感染、结膜炎、泌尿生殖道感染等疾病;

3、主要传播方式：衣原体感染主要通过性行为传播。支原体感染除性行为传播外，还可通过呼吸道飞沫传播、母婴传播等方式传染;

4、生存时间：衣原体感染潜伏期比较长，一般为3周到8周，生存时间较短。支原体感染潜伏期比较短，一般为2周到3周;

5、其他：衣原体感染后主要对沙眼衣原体、淋球菌、生殖支原体、解脲支原体等病原体具有较强的抗体亲和力。支原体感染潜伏期比较短，一般为1周到3周。

如果发生支原体或衣原体感染，建议及时去医院就诊，明确感染部位，并针对性地进行治疗。治疗期间应避免性生活，注意个人卫生，定期复查。