肛门指检检查出有小疙瘩可能是痔疮、尖锐湿疣等疾病导致的。患者需要根据不同的病因对症治疗。

1.痔疮：痔疮是临床上比较常见的一种肛肠疾病，主要是由于直肠下端或者肛管静脉丛迂曲肿大所造成的，在进行肛门指检时可发现局部有小疙瘩的症状。如果症状较轻，可以采取温水坐浴的方式缓解不适感，并且在医生指导下使用马应龙麝香痔疮膏、复方角菜酸酯栓剂等药物进行治疗。必要时也可以通过手术切除的方式进行处理。

2.尖锐湿疣：尖锐湿疣是由人乳头瘤病毒感染引起的以肛周皮肤增生性损害为主要表现的性传播疾病，主要表现为生殖器周围的丘疹、角化型斑块、乳头样或菜花样赘生物等。当患者出现上述情况时，则可以在医生的指导下使用咪喹莫特软膏、鬼臼毒素软膏等药物进行涂抹改善病情。同时还要注意个人卫生，勤换洗内裤，避免发生不洁的性生活。

除此之外，也有可能是肛裂等原因导致的，建议及时就医进行治疗。