做了肛瘘手术后疼痛的时间因人而异，一般情况下术后2-3天会逐渐缓解。如果患者体质较差或伤口愈合不良，则可能需要更长时间才能恢复。

一、正常情况下的疼痛时间

1.术后24小时内：由于麻醉药效消退，此时会出现明显的疼痛症状；

2.术后72小时：由于炎症反应和组织修复的刺激，也会出现明显疼痛的症状；

3.术后一周左右：随着伤口的愈合和康复，疼痛感会逐渐减轻。

二、异常情况下的疼痛时间

1.体质较差者：如果患者的年龄较大或者身体状况不佳，可能会导致伤口愈合缓慢，从而延长疼痛的时间；

2.伤口愈合不良者：如果术后的护理不当，如伤口感染等，会导致伤口愈合不良，引起持续性的疼痛。

综上所述，肛瘘手术后疼痛的时间与多种因素有关，包括个人体质、手术方式以及术后护理等因素。一般来说，在医生指导下进行规范治疗，并注意术后护理，可以缩短疼痛的时间并促进伤口愈合。如果疼痛严重或持续不改善，请及时就医咨询专业医生的意见。