慢性根尖周炎的鉴别诊断主要有与急性根尖周炎鉴别、与牙周炎鉴别、与牙龈炎鉴别、与牙周脓肿鉴别、与牙髓坏死鉴别。此外，还有与根尖囊肿和上皮肉芽肿鉴别。

1、与急性根尖周炎鉴别：急性根尖周炎有牙齿咬合痛、牙龈脓肿、牙齿松动、牙龈出血、牙齿疼痛等症状，慢性根尖周炎无明显的自发痛，有长期的咬合痛，但不如急性根尖周炎明显，用力咬牙时可能会出现持续性的疼痛;

2、与牙周炎鉴别：牙周炎的牙龈红肿，牙周袋变深，牙槽骨有吸收，慢性根尖周炎的牙龈红肿，牙槽骨有吸收，这是两者主要的鉴别点。此外，在口腔X线片上，也可以看见根尖部有牙槽骨的吸收;

3、与牙龈炎鉴别：牙龈炎的病变局限于游离龈、附着龈，牙周袋不深，无附着丧失，而慢性根尖周炎的牙龈红肿，牙槽骨吸收，呈扇形，严重者出现牙齿松动;

4、与牙周脓肿鉴别：牙周脓肿有明显的牙龈部位红肿、触痛及牙齿松动的症状，而慢性根尖周炎无明显的牙龈红肿、触痛及牙齿松动;

5、与牙髓坏死鉴别：牙髓坏死一般无明显的自发痛，有长期的咬合痛及牙齿松动的病史，牙髓活力测试为不可逆的，而慢性根尖周炎牙髓活力测试是正常的;

6、与根尖囊肿鉴别：根尖囊肿一般无明显的自发痛，有时可有叩痛及牙齿松动的病史，但不如急性根尖周炎明显，用力压迫患牙可有叩痛，部分慢性根尖周炎病变进展较慢者，可形成囊肿，囊肿长期不变，X线片上可见根尖部有类圆形低密度透明区，表现为与周围骨质界限明显的透射区，而牙髓坏死者则无此类表现;

7、与牙髓坏死鉴别：牙髓坏死一般无明显的自发痛，有时可有叩痛及牙齿松动的病史，牙髓活力测试正常，X线片上表现为根尖部牙体硬组织的低密度影。