做了肛瘘手术后是否疼痛需要根据具体情况而定。如果采用的是局部麻醉或腰麻等方法进行手术，则可能不会感到明显的疼痛；但如果采用全身麻醉，则可能会有轻微的不适感。

在进行肛瘘手术时，医生通常会采取局部麻醉或腰麻的方法来减轻患者的痛苦。在这种情况下，患者一般不会有太大的感觉，也不会感到明显的疼痛。但是，在手术过程中和术后恢复期间，患者可能会有一些不适的症状，如轻度的疼痛、肿胀和出血等。

另外一种情况是，如果采用的是全身麻醉，则患者在整个手术过程中都不会感觉到任何疼痛。这种情况下，虽然患者没有感受到疼痛，但需要注意的是，全身麻醉有一定的风险，并且需要由专业的麻醉师来进行操作。

总之，做肛瘘手术后的疼痛程度因人而异，取决于所采用的具体麻醉方法和个人体质等因素。在手术前，患者应该与医生充分沟通，了解自己的病情和治疗方案，以便更好地应对可能出现的问题。