做完肛瘘手术三个月了还疼可能是正常现象、也有可能是局部感染、创口愈合不良等引起的。

一、正常现象

由于个人体质不同，部分患者在术后恢复期会出现轻微的疼痛感。如果只是单纯的出现轻微的疼痛，并没有伴随其他不适症状，则属于正常的生理现象，不需要特殊治疗，通常一段时间后可自行缓解或消失。

二、局部感染

1.物理疗法：如果伤口部位出现了明显的红肿或者是渗出液增多的情况，可以在医生指导下通过红外线照射的方式进行改善，能够促进血液循环，有利于炎症消退。

2.药物治疗：如果是细菌感染所导致的，可以遵医嘱服用阿莫西林胶囊、头孢克肟片等抗生素类药物进行抗炎治疗，同时也可以使用高锰酸钾溶液坐浴，能够起到杀菌作用，对病情的恢复有一定的帮助。

三、创口愈合不良

如果患者的年龄比较大，身体素质比较差，而且平时不注意饮食健康，经常吃辛辣刺激性的食物，可能会导致创口愈合不良，从而出现上述情况。此时可以通过按摩的方式来辅助改善，同时还可以多吃一些新鲜的水果和蔬菜，比如苹果、西红柿等，能够补充身体所需要的维生素，有利于身体健康。

除此之外，还有可能是瘢痕增生等原因造成的，建议及时到正规医院就诊并治疗。