打呼噜半夜醒了头疼，可能是由于睡眠呼吸暂停综合征、鼻炎、扁桃体肥大、颅脑病变等原因导致。建议患者及时到医院就诊，完善相关检查后进行针对性治疗。

1、睡眠呼吸暂停综合征：如果存在睡眠呼吸暂停综合征，可能会出现夜间睡觉时打鼾的情况，还可能会伴有白天嗜睡的症状，从而引起上述症状。可以遵医嘱使用阿托伐他汀钙片、盐酸二甲双胍缓释片等药物进行治疗；

2、鼻炎：如果患有鼻炎，可能会导致鼻腔黏膜充血、肿胀，影响正常的通气功能，从而引起上述症状。可以遵医嘱使用丙酸氟替卡松鼻喷雾剂、布地奈德鼻喷雾剂等药物进行治疗；

3、扁桃体肥大：如果扁桃体过于肥大，可能会堵塞咽喉部位的通道，导致空气流通不畅，也有可能会引起上述症状。可以遵医嘱服用清喉利咽颗粒、银黄含片等药物进行治疗；

4、颅脑病变：如果患有颅脑病变，比如脑梗死或者脑出血等疾病，可能会导致脑组织缺血或者缺氧，从而引起上述症状。需要在医生指导下服用阿司匹林肠溶片、硫酸氢氯吡格雷片等药物进行治疗。

此外，在日常生活中应避免过度劳累以及熬夜等不良生活习惯。