疏通输卵管的药物常见的有抗生素类药物、短效避孕药、活血化瘀类药物等，此类药物副作用主要会引起过敏反应、胃肠道反应、月经改变、阴道出血等。

1、过敏反应：如果女性对输卵管疏通药物过敏，在使用药物之后，可能会出现过敏反应，常见的症状有皮肤瘙痒、红肿等。对于过敏比较严重的女性，还可能会出现喉头水肿、呼吸困难等;

2、胃肠道反应：输卵管堵塞可能是由于炎症感染所引起，在使用疏通药物的过程中，药物可能会经过咽喉部到达胃肠道，刺激胃肠道黏膜，从而引起恶心、呕吐、食欲减退、腹泻等症状;

3、月经改变：由于疏通输卵管的药物有活血化瘀的作用，能够促进血液循环。若女性存在月经期，使用疏通输卵管的药物后，可能会导致经期延长、经量增多或减少等;

4、阴道出血：如果女性在疏通输卵管的药物过程中力度过大，可能会引起阴道黏膜破损、出血等，但一般出血量不多，在停药后症状会自行消失。

由于疏通输卵管的药物有一定的禁忌证和不良反应，所以建议女性在医生指导下使用，不要盲目用药。如果女性疏通输卵管的药物副作用较为严重，建议及时到医院就诊。