做了肛瘘手术后阴茎不舒服可能是正常现象，也有可能是不注意个人卫生、伤口感染等原因导致的。

一、正常现象

如果在做肛瘘手术时，医生操作不当或者患者体质比较差，可能会对局部组织造成损伤，在术后出现疼痛的情况。此时属于正常的生理现象，一般不需要过分担心，也不用进行特殊治疗，随着时间推移，症状会逐渐得到改善。

二、不注意个人卫生

如果做完肛瘘手术以后没有做好自身的清洁工作，经常穿一些质量较差的衣服，会导致细菌滋生，从而诱发炎症反应，也会使局部不适的症状加重。建议患者要勤洗澡，勤换内裤，并且也要保持局部干净与干燥，可以在医生指导下使用高锰酸钾溶液坐浴的方式进行处理，能够促进血液循环，有利于病情恢复。

三、伤口感染

如果在做完肛瘘手术以后，没有加强局部护理措施，导致伤口部位受到病原体入侵，就会引发感染情况，从而影响到身体的恢复。一旦确诊，需要遵医嘱服用抗生素药物进行治疗，比如阿莫西林胶囊、头孢克肟片等，同时也可以配合红外线照射等方式辅助治疗。

除此之外，还可能是因为性生活频繁等原因引起的，可以到医院就诊治疗。