跑步时腹部右侧疼，可能是非病理因素如运动不当等引起。但也可能是由于阑尾炎、肠痉挛、急性胆囊炎等病理原因所致。

一、非病理因素

1.运动不当：如果在跑步前没有进行热身或者跑完步后没有做拉伸动作，就会导致肌肉组织出现损伤的情况发生，在这时就可能会引发疼痛的现象。一般不需要特殊治疗，建议患者注意休息即可缓解症状。

二、病理因素

1.阑尾炎：当患者的阑尾受到细菌感染时，就会使阑尾黏膜受损，从而诱发炎症反应。在剧烈运动过后会刺激到局部的病灶，所以会导致上述情况的发生。可遵医嘱使用阿莫西林胶囊、头孢克肟片等药物来改善病情，必要时采取腹腔镜下阑尾切除术等方式来进行手术治疗。

2.肠痉挛：若患者存在肠道功能紊乱或饮食不洁等情况，就会诱发肠痉挛的症状发生。此时也会因为跑步时对腹部造成牵扯而加重不适感。可在医生指导下通过颠茄片、消旋山莨菪碱片等药物来解痉止痛。

3.急性胆囊炎：通常是由于胆汁淤积等原因所引起的疾病，通常会出现右上腹绞痛等症状，并且还会伴随恶心呕吐以及发热等现象。可遵医嘱服用熊去氧胆酸片、双氯芬酸钠缓释片等药物来治疗，严重者需要采取胆囊切除术等方式来进行治疗。

除以上相对常见原因外，还有其他可能性疾病，比如胰腺炎等，建议及时前往医院完善检查明确病因，给予针对性处理或治疗。