根管治疗和烧神经去神经均为口内牙体组织疾病的常用治疗方法，可以治疗牙髓炎、根尖周炎等疾病，二者的治疗原理、治疗方法、副作用、治疗效果等均有一定的区别。

1、治疗原理：根管治疗是通过机械和化学方式去除根管内大部分感染物，并进行填充药物消毒灭菌，以防止再次感染。而烧神经去神经是指在牙齿外口腔颌面部的神经感觉区进行麻醉，消毒后使用神经失活剂杀灭神经，以防止牙齿再次疼痛;

2、治疗方法：根管治疗是通过机械和化学方式去除根管内大部分感染物，并进行填充药物消毒灭菌，以防止再次感染。而烧神经去神经是通过切断部分牙髓神经，去除牙髓后进行麻醉，将牙齿去除;

3、副作用：根管治疗由于去除了牙髓，可能会导致牙齿对冷热刺激较为敏感，导致牙齿酸痛，但并不会持续较长时间。而烧神经去神经可能会导致牙齿麻木、牙齿敏感持续时间较长，去除牙髓后可能还会出现牙齿疼痛的情况;

4、治疗效果：根管治疗的牙齿一般可保留天然牙的功能，能够较好地恢复咀嚼功能，并且疗效较为明显。但烧神经无法保留牙髓，只能够去除神经，并且无法进行填充，疗效较差。而根管治疗后，牙齿一般无法保留，可进行冠修复来恢复牙齿的功能。

此外，二者的操作过程也存在一定的差异，根管治疗可以一次性清除根管内的感染物质，并进行填充药物消毒灭菌，而烧神经需要将牙齿磨开，去除牙髓，并进行麻醉，制备牙齿，最后进行填充药物消毒灭菌，并进行充填，以防止牙齿再次疼痛。