做了肛瘘手术后小便困难可能是正常现象，也有可能是尿道炎、膀胱炎等疾病引起的。患者需要根据不同的原因采取相应的治疗措施。

一、正常现象

如果在做肛瘘手术时损伤了局部的神经或肌肉组织，则会导致排尿功能受到影响，从而出现排尿困难的情况。这种情况一般属于正常的生理现象，在经过一段时间之后会逐渐恢复，不需要特殊处理。

二、病理性因素

1.尿道炎：如果在做完肛瘘手术之后不注意个人卫生，导致细菌入侵尿道，诱发炎症反应，也会引起上述症状。建议遵医嘱服用抗生素类药物进行治疗，比如阿莫西林胶囊、头孢克肟片等。同时还要做好个人的清洁和卫生，勤换洗内裤。

2.膀胱炎：如果在术后没有做好护理工作，导致细菌逆行感染，诱发膀胱炎，也会出现该情况。此时可以遵医嘱服用消炎利胆片、盐酸左氧氟沙星胶囊等药物进行治疗。另外还可以通过温水坐浴的方式进行改善。

除此之外，还可能与前列腺增生症等原因有关。若通过上述方法，症状无法得到缓解，建议及时就医。