男性直肠溃疡伴有肉芽组织时，进行HPV（人乳头瘤病毒）检查可以通过以下方法：
醋酸白试验：医生会将医用冰醋酸涂抹于直肠的可疑病变处，观察是否出现白色斑块，以此判断是否存在HPV感染。
HPV DNA检测：通过采集血液或直肠分泌物样本，在实验室中检测是否存在HPV的DNA序列，从而确定是否感染HPV。
肛门镜检查：使用肛门镜直接观察直肠内壁的情况，有助于发现可能存在的HPV相关病变，如尖锐湿疣等。
活检组织病理学检查：如果怀疑存在恶性肿瘤，可以从直肠的可疑病变处取小块组织进行病理分析，以评估组织细胞结构及异型性程度。
建议在进行检查前，避免局部使用药物或化学物质，并遵循医生的建议进行充分准备。
