霉菌性肠炎不能自愈，需要及时抗真菌药物治疗。

霉菌性肠炎是由于真菌侵入肠道所致，机体无法通过自身免疫系统清除真菌，因此无法实现自愈。

若不及时使用抗真菌药物治疗，真菌会继续繁殖，导致症状加重，严重时甚至会引起全身播散性感染。

除上述提及的可能性外，还应考虑是否存在细菌性食物中毒、病毒性胃肠炎等其他原因引起的腹泻。这些疾病也可能导致腹泻，但其病因、治疗方法以及预后与霉菌性肠炎有所不同。

在诊断为霉菌性肠炎后，患者需遵医嘱接受相应抗真菌药物治疗，同时避免食用可能加剧病情的食物或饮料，如酒精。