孕酮低不一定代表卵泡萎缩，因为两者之间没有必然联系。

虽然卵泡萎缩可能会导致孕酮水平下降，但孕酮低并不一定是由卵泡萎缩引起的。例如，黄体功能不足也可能导致孕酮水平降低，这与卵泡本身无关。

因此，仅凭孕酮水平来推断卵泡状态可能存在误差，需要结合其他临床表现和检查结果进行综合评估。

如果患者在排卵后出现孕酮值较低，则可能是由于黄体功能不全或黄体萎缩过早所致。此外，甲状腺功能减退症、肾上腺皮质功能减退等疾病也可能引起孕酮合成减少。

需要注意的是，在孕期监测孕酮水平对于确保子宫内膜健康和胎儿发育至关重要。若发现孕酮水平异常偏低，应及时就医寻求专业指导，并遵循医生建议进行相应治疗。