功能性消化不良患者恢复正常大便颜色的时间因人而异，通常在数天至数周之间，具体取决于症状严重程度和治疗及时性。

功能性消化不良是指消化系统功能紊乱，但没有明确的器质性病变，通常不会影响大便颜色。功能性消化不良患者在及时治疗和良好生活习惯的影响下，症状可能很快得到缓解，消化功能恢复正常，大便颜色也恢复正常。如果患者症状持续或加重，可能需要药物治疗，如胃动力药如多潘立酮、莫沙必利等，以改善消化功能，进而影响大便颜色。

患者在治疗期间应密切观察大便颜色的变化，如有持续的消化不良症状或大便颜色异常，应及时就医。