新生儿呕吐咖啡色分泌物可能是胃食管反流、先天性幽门肥厚狭窄、新生儿出血症、新生儿硬皮症、新生儿败血症等疾病的表现，需根据具体病因进行针对性治疗。建议患者及时就医，以便获得适当的治疗。

1.胃食管反流

胃食管反流是由于胃和十二指肠内容物反流入食管引起的一系列临床症状。当胃酸和食物残渣逆流到咽喉部时，会对局部黏膜造成刺激，导致出现恶心、呕吐等症状。

可遵医嘱使用促胃肠动力药进行治疗，如多潘立酮片、枸橼酸莫沙必利片等。

2.先天性幽门肥厚狭窄

先天性幽门肥厚狭窄是一种先天性疾病，由于幽门肌层增生肥厚而引起的肠道梗阻。会导致胃内容物无法顺利通过幽门进入小肠，进而引起呕吐的症状。对于先天性幽门肥厚狭窄，通常需要手术治疗，如经腹腔镜下幽门环肌切开术。

3.新生儿出血症

新生儿出血症是因为维生素K依赖凝血因子缺乏所致，容易引起消化道出血，血液随呕吐物流出后呈咖啡样颜色。新生儿出血症可通过注射维生素K制剂进行预防和治疗，如维生素K1注射液、醋酸可的松注射液等。

4.新生儿硬皮症

新生儿硬皮症是由皮肤中结缔组织炎症反应导致胶原纤维过度沉积所引起的自身免疫性疾病，病变累及真皮及表皮细胞时会引起皮肤硬化，影响正常的血液循环，从而引起消化道出血，血液随着呕吐物流出后呈咖啡样颜色。患者可在医生指导下服用阿司匹林肠溶片、双嘧达莫片等药物缓解不适症状。

5.新生儿败血症

新生儿败血症是指致病菌侵入血液循环并在其中生长繁殖产生毒素而造成的全身性感染，此时由于细菌产生的毒素作用于胃肠道黏膜，导致其受损并发生出血，血液随呕吐物排出则表现为咖啡色。针对新生儿败血症，需及时就医，在医师指导下选用合适的抗生素治疗，例如头孢曲松钠、苯唑西林钠等。

建议密切观察患儿的生命体征，监测是否有贫血迹象，必要时进行便常规、血常规、电解质分析等实验室检查以及超声心动图评估心脏功能。