巧克力囊肿术后通常不会影响怀孕。

巧克力囊肿主要是由于子宫内膜细胞在卵巢中生长形成，这些细胞会周期性地出血，形成液体囊肿。该疾病通常会导致盆腔炎症、粘连等问题，进而影响受孕。但经过手术治疗后，上述问题可以得到解决，从而提高自然受孕的概率。

如果患者存在输卵管堵塞或免疫因素异常等并发症，则可能会影响怀孕。因为输卵管是运输卵子的重要通道，而免疫因素异常可能导致子宫内膜环境不利于受精卵着床。

对于巧克力囊肿术后者，建议定期复查以监测病情变化，并保持良好的生活习惯，有助于提高生育能力。