早晨3点左右胃不舒服可能是幽门螺杆菌感染、慢性胃炎、功能性消化不良、胃溃疡、十二指肠溃疡等疾病引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。

1.幽门螺杆菌感染

幽门螺杆菌可在胃内产生毒素和促进炎症反应的物质，导致胃黏膜损伤和不适。

根除幽门螺杆菌通常采用三联疗法或四联疗法，如克拉霉素联合阿莫西林、奥美拉唑等抗生素进行治疗。

2.慢性胃炎

慢性胃炎由各种原因引起的胃黏膜长期存在炎症，可引起上腹部疼痛、恶心呕吐等症状。夜间由于迷走神经兴奋性增高，会导致胃酸分泌增多，进而加重胃部不适。患者可以遵医嘱使用雷贝拉唑钠肠溶片、铝碳酸镁咀嚼片等药物来缓解症状。

3.功能性消化不良

功能性消化不良是指胃肠道功能紊乱，食物摄入后不能及时消化吸收，从而出现腹胀、嗳气、食欲不振等症状，在凌晨时分更为明显。患者可以在医生指导下服用多潘立酮片、枸橼酸莫沙必利片等促胃肠动力药改善症状。

4.胃溃疡

胃溃疡是由于胃黏膜防御因素减弱或攻击因素增强所致，当胃酸或胃蛋白酶侵袭胃壁时会引起疼痛，这种疼痛可能在清晨加剧。患者需要遵照医生的意见口服胶体果胶铋胶囊、复方氢氧化铝片等保护胃黏膜的药物进行治疗。

5.十二指肠溃疡

十二指肠溃疡是由胃液对十二指肠黏膜的消化作用超过黏膜自身防御能力所造成的局部坏死溃破，此时可能会因为胃酸刺激而诱发不适感。对于存在幽门螺杆菌感染的十二指肠溃疡患者，建议配合医生通过碳14呼气试验检测明确诊断并接受正规抗幽门螺杆菌治疗。

针对晨起胃部不适的情况，建议患者注意饮食习惯调整，避免食用辛辣、油腻的食物，减少酒精和咖啡因的摄入。此外，定期复查如电子胃镜检查，以监测病情变化，及时发现并处理潜在的问题。