两个月没来月经且没有怀孕时出现褐色分泌物，可能是功能性子宫出血、多囊卵巢综合征等原因导致的，需要针对具体病因进行针对性处理。
功能性子宫出血是由于下丘脑-垂体-卵巢轴的功能紊乱引起的一种疾病，此时体内雌激素水平发生波动，会导致子宫内膜过度增殖，从而引起不规律的出血。而多囊卵巢综合征则是一种复杂的生殖内分泌代谢性疾病，其发病机制涉及遗传与环境因素相互作用，主要表现为雄激素升高、持续无排卵、卵巢多囊样改变等，常伴有胰岛素抵抗、肥胖、糖代谢异常及心血管风险增加等表现。这两种疾病的治疗方式不同，因此需明确诊断后进行针对性处理。
此外，还应考虑是否患有宫颈炎、子宫内膜异位症等妇科疾病，以及是否存在甲状腺功能减退等问题。这些都可能导致月经周期紊乱和褐色分泌物。
总之，在排除妊娠的情况下，若发现长时间未行经且伴随褐色分泌物，建议及时就医以确定原因，并接受适当治疗。日常生活中注意保持良好的生活习惯，避免精神紧张和压力过大，以免影响内分泌系统的正常运作。
