小男孩牙齿发黑可能是龋齿、牙釉质发育不全、氟斑牙、色素沉着、口腔卫生不良等病因导致的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议及时就医，以便进行适当的诊断和治疗。

1.龋齿

细菌产生的酸侵蚀了牙齿表面，导致牙齿脱矿和有机物分解，从而形成龋洞。补牙是常见的治疗方法，通过去除受损组织并填充材料如复合树脂来修复受损区域。

2.牙釉质发育不全

由于遗传因素、营养缺乏或其他原因导致牙釉质形成不完整或异常薄，使牙齿更容易受到色素沉积和蛀牙的影响。

可以通过专业清洁和使用含氟牙膏进行改善。

3.氟斑牙

长期摄入过量的氟会导致牙齿表面出现白垩色或棕色斑点，影响美观并增加蛀牙风险。应用高浓度漂白剂或激光美白等专业方法可以减轻其外观。

4.色素沉着

局部外源性色素沉着或内源性因素如药物引起的染色可能导致牙齿变黑。定期洁牙可以帮助清除附着在牙齿上的外源性色素。

5.口腔卫生不良

食物残渣和软垢长时间滞留可发酵产酸，加剧龋损发展；同时菌斑中的细菌也会产生一些有害物质，进一步腐蚀牙体组织。应强调良好的刷牙习惯和定期洗牙的重要性以维护口腔健康。

建议定期带孩子到正规医院的儿童口腔科进行涂氟保护漆、窝沟封闭等预防措施。此外，还可适当补充钙片以及维生素D滴剂，有利于促进牙齿健康发育。