肠源性囊肿通常没有后遗症。

肠源性囊肿主要是由于先天性的胚胎发育异常所引起的疾病，属于良性的病变，并且该病的发展速度比较缓慢，如果能够做到早发现、早诊断以及早治疗，病情多能得到有效控制，甚至会达到治愈的效果，所以很少会出现后遗症。

极少数情况下，若囊肿发生恶变或引起并发症，可能会导致长期腹泻、腹痛等消化系统症状，增加结肠癌的风险。

患者应定期复查以监测囊肿的变化，避免食用可能刺激肠道的食物，保持良好的生活习惯是关键所在。