新生儿先天性肛门闭锁手术后的后遗症风险较低，通常取决于是否伴有其他泌尿生殖系统畸形以及术中是否损伤了神经血管束。
后遗症的发生通常与手术本身相关，但也可能受到患者个体差异的影响。未出现泌尿生殖系统畸形时，手术难度相对较小，对周围组织结构的损伤也较少，因此发生后遗症的概率降
低。而当存在泌尿生殖系统畸形时，会增加手术复杂性和风险，从而提高后遗症发生的概率。此外，如果在手术过程中不慎损伤了神经血管束，可能会引起排便功能障碍等后遗症。
术后可能出现肠粘连、感染等问题，需密切监测并及时处理。
围手术期管理至关重要，包括营养支持、肠道准备及并发症预防，以减少后遗症的风险。
