凌晨3点胃疼可能是十二指肠溃疡、慢性胃炎、幽门螺杆菌感染、胃食管反流病或功能性消化不良等引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，明确诊断。
1.十二指肠溃疡
由于遗传、环境因素共同作用导致黏膜防御功能减弱，胃酸和胃蛋白酶侵袭超过其防御能力而引起。
患者可在医生指导下使用奥美拉唑等质子泵抑制剂进行治疗。
2.慢性胃炎
慢性胃炎是由各种刺激因子长期作用于胃黏膜引起的炎症反应，此时胃黏膜存在不同程度的损伤，当损伤程度较重时，会导致胃部疼痛的情况发生。患者可遵医嘱服用胶体果胶铋胶囊、铝碳酸镁咀嚼片等药物保护胃黏膜。
3.幽门螺杆菌感染
幽门螺杆菌感染会引起胃黏膜炎症和损伤，导致胃痛。因为幽门螺杆菌产生的毒素能够直接破坏胃黏膜细胞，使胃酸和胃蛋白酶更容易侵蚀胃壁，进而引发疼痛。根除幽门螺杆菌通常采用三联疗法或四联疗法，如克拉霉素联合阿莫西林以及奥美拉唑、胶体果胶铋胶囊等。
4.胃食管反流病
胃食管反流病是由于下食管括约肌功能障碍或胃排空延迟导致胃内容物反流入食管，这些物质可能通过逆向流动进入胃腔，引起胃痉挛和不适。患者可以考虑口服雷贝拉唑钠肠溶片、泮托拉唑钠肠溶胶囊等药物来抑制胃酸分泌，从而缓解症状。
5.功能性消化不良
功能性消化不良是指消化系统无器质性病变，但出现上腹部不适、餐后饱胀、食欲不振等症状，夜间迷走神经兴奋性增高，影响胃肠运动功能，可能导致凌晨胃痛。患者可通过饮食调整和生活习惯改变来改善症状，如减少摄入辛辣、油腻食物，保持规律作息。
建议关注睡眠质量，是否存在失眠或睡眠中断等问题，以进一步评估胃痛是否与睡眠相关。必要时，应进行电子胃镜检查以排除其他潜在的消化道疾病。
