睡觉起来肩胛骨疼可以考虑采取针灸、热敷、非甾体抗炎药、肌肉松弛剂、神经阻滞等治疗方法。如果疼痛持续不缓解或加剧，建议及时就医以排除其他潜在的病因。

1.针灸

通过在特定穴位施以微小创伤来刺激身体，改善血液循环和缓解肌肉紧张，通常由专业人员操作。

对于慢性疼痛如肩周炎、颈椎病等有较好效果。

2.热敷

使用温度较高的物体对患处进行加温，可以促进局部血液循环，从而达到止痛的目的。适用于因外伤导致的软组织损伤引起的疼痛症状。

3.非甾体抗炎药

此类药物具有解热镇痛的作用，能够抑制前列腺素合成，从而起到止痛的效果。可用于治疗肩关节周围软组织无菌性炎症引起的疼痛。

4.肌肉松弛剂

这类药物能降低肌细胞膜对钠离子的通透性，使乙酰胆碱失去去极化作用而不能引起肌肉收缩，因此可产生肌肉松弛作用。当患者存在肌肉痉挛时，医生会开具处方给予相应剂量的肌肉松弛剂。

5.神经阻滞

神经阻滞是将局麻药注射到周围神经周围，暂时阻断神经传导的一种方法，在局部麻醉下完成。此方法常用于治疗急性发作的肩部神经根性疼痛。

睡眠中肩胛骨疼痛可能源于多种原因，建议及时就医以确定具体原因。日常生活中注意保持良好的睡姿，避免长时间维持一个姿势不变，以免加重不适感。