新生儿肛门闭锁手术后的后遗症因人而异，取决于是否及时发现及干预。

及时发现并接受适当的手术治疗，可以有效改善预后，减少后遗症的风险。常见的后遗症可能包括尿潴留、便秘或其他消化系统功能障碍，这些都与肛门闭锁有关。此外，如果术后出现感染或瘘管形成等情况，则会增加后遗症发生的风险。因此，定期复查以及遵循医嘱进行康复训练是非常重要的。

术后可能出现疼痛、出血、感染等并发症，需密切监测并处理。

围术期管理及术后护理是确保患儿顺利恢复的关键所在，家长应严格遵守医嘱，并在出院后定期复诊以评估恢复情况。