新生儿脚趾甲凹陷进肉里可能与遗传因素或维生素D缺乏症有关。

遗传因素可能导致指甲发育异常，而维生素D缺乏症会影响钙质吸收，间接影响指甲健康，表现为脚趾甲凹陷。

此外，真菌感染也可能引起足癣、灰指甲等疾病，导致指甲变薄、变形，出现脚趾甲凹陷的现象。

家长应注意观察孩子的脚趾甲变化，并定期带孩子到医院进行生长发育评估和必要的血液检查，以确保其健康成长。