睡觉起来左肩胛骨酸痛可能是睡眠姿势不当、枕头过高、肩周炎、颈椎病、肌筋膜炎等病因引起的，需根据具体因素进行针对性治疗。建议患者及时就医，以便进行准确诊断和治疗。

1.睡眠姿势不当

睡眠姿势不当可能导致肌肉长时间处于紧张状态，引起局部血液循环受阻，从而导致左肩胛骨出现酸痛的症状。调整睡眠姿势可以缓解不适症状，如使用合适的枕头支撑颈部和头部，避免过度扭曲身体。

2.枕头过高

枕头过高会使头颈部过度后仰，增加颈项部肌肉张力，久而久之会导致颈项部肌肉劳损、痉挛，进而诱发疼痛。患者可通过更换低枕来改善不适症状，日常生活中也要注意不要长时间保持一个姿势不动。

3.肩周炎

肩周炎是由于肩关节周围软组织发生无菌性炎症反应，炎症因子刺激周围的神经组织，所以会出现肩关节疼痛的情况。此外，还可能伴有肩关节活动受限等不适症状。针对肩周炎的治疗通常包括物理疗法和药物治疗，物理疗法如热敷、按摩可放松肌肉，缓解疼痛；药物治疗则需遵医嘱服用非甾体抗炎药如布洛芬缓释胶囊、对乙酰氨基酚片进行止痛治疗。

4.颈椎病

颈椎病多由长期不良姿势、椎间盘退行性变等因素所致，使颈椎生理曲度改变，压迫或刺激邻近的脊髓、神经根、血管等结构，当刺激到交感神经时就会出现肩背部酸胀、疼痛等症状。对于轻度的颈椎病，可以通过牵引的方式来进行治疗，也可以通过针灸等方式来辅助治疗。

5.肌筋膜炎

肌筋膜炎是指发生在肌筋膜部位的慢性无菌性炎症，由于炎症刺激可能会导致肩胛骨处出现酸痛的现象。患者可在医生指导下使用双氯芬酸二乙胺乳胶剂、氟比洛芬巴布膏等外用消炎镇痛类药物进行局部涂抹以达到止痛的目的。

建议患者及时就医，在医生指导下完善相关检查，例如X线检查、MRI检查等，以便进一步确定诊断并接受适当治疗。日常生活中还要注意休息，避免剧烈运动，以免加重不适症状。