新生儿吐咖啡色的分泌物可能是由胃食管反流、新生儿肺透明膜病、先天性心脏病、感染性肺炎等疾病因素引起的，需根据具体病因进行针对性治疗。建议患者及时就医，以便获得适当的治疗。

1.胃食管反流

由于新生儿的胃肠道发育不完善，导致食物和胃酸容易回流到食管中，引起胃内容物逆流至口腔。可以使用促胃肠动力药如多潘立酮、莫沙必利等促进消化道蠕动，减少胃内容物返流。

2.新生儿肺透明膜病

由于缺乏肺表面活性物质，导致呼吸困难和呼吸窘迫，进而引起咳嗽反射增强，可能导致少量血液被咳出。新生儿肺透明膜病通常需要氧疗和机械通气来维持稳定的呼吸功能。

3.先天性心脏病

如果患有先天性心脏病，心脏结构异常可能会影响血液循环，导致血液回流至食管和呼吸道，从而引起吐血的症状。针对先天性心脏病的治疗方法包括手术矫正，例如开胸直视下修补术或经皮介入封堵术。

4.感染性肺炎

感染性肺炎是由细菌、病毒或其他微生物引起的肺部感染，这些病原体可能会损伤肺组织并导致出血，当血液随着痰液排出时，就可能出现吐咖啡色分泌物的情况。抗生素是治疗感染性肺炎的主要手段，医生会根据病原体类型选择合适的抗生素进行治疗，如阿莫西林克拉维酸钾片、头孢克肟颗粒等。

建议密切观察新生儿的生命体征，定期监测体重增长情况。必要时，应进行超声心动图、X线检查以评估心脏和肺部状况。