结膜色素痣手术的副作用主要包括术后感染、角膜炎等。

结膜色素痣手术属于眼科常规手术，虽然存在一定的风险，但是医生会严格控制操作过程中的感染源，并使用无菌技术进行操作，从而减少术后感染的发生概率。另外，如果在术中对角膜造成损伤，则可能会诱发角膜炎。因此，在选择进行结膜色素痣手术时，需要评估手术的风险与获益，并遵循医嘱做好术后护理工作。

结膜色素痣还可能发生恶变，若患者出现眼红、疼痛等症状，需警惕恶变可能。

建议定期观察结膜色素痣的变化，以便及时发现异常情况。同时，保持良好的眼部卫生习惯也是预防结膜疾病的重要措施之一。